使用大规模RNA测序检测免疫响应,包括自动机疾病和疫苗接种

研究者正在高效探索免疫响应新批量RNA排序工作流,生成B或T细胞受体VDJ和C区域mRNA全长读法内含独特视图的发现显示先前无法解答的问题,即免疫对感染和治疗干预的反应

光线重编a术语定义个人表达式T和B细胞受体之和动态状态包含免疫响应范围TCR/BCR表达式剖面图包含大量信息 关于最近和过去接触中免疫响应的奥秘信息可用以取出免疫细胞参与自动机疾病或评价宿主免疫响应同时,由于各种疾病(甚至疾病严重程度)可产生特定的免疫特征,它与临床相关,因为在引导治疗选择和预测处理效果方面的潜在实用性

深入了解免疫排序自免

Jele医学学院副教授Kevin O'Connor实验中展开的有趣研究是一个很好的例子,说明多重免疫排序技术可如何被利用,以在理解自免疫失常方面实现巨大的飞跃

mastheniagravis(MG)是O'Conna实验室调查的疾病自动机失序影响神经肌肉传播并引起眼睛、口、喉和四肢肌肉虚弱其病理机制产生神经肌肉交叉点,并很好地研究并理解简言之,自适应体绑定acylcholine受体并中断神经肌肉交叉口正常信号传输不同类型MG定义依自主体类型组成AchR

有两个问题O'Connor实验室特意回答
开工为何百科切除只部分成功治疗MG
二叉为何MG病人接受Rituximab复发

回答这些问题,O'Connor实验室科学家使用多项互为补充的免疫排序技术,从而更完整地了解免疫响应要理解这些方法如何协同使用,我们需要理解一些基本免疫学和这些方法如何操作

imune感应器多样性可在 mRNA中发现

细胞膜表示转录机和转录机,尽管B细胞还把BCR的免疫球素部分分解为可直接连接抗原的抗体
奇异程度的免疫受体多样性B和T细胞对识别近无限数抗原是必要的多样性通过体积重编实现,脱氧核糖核酸层次演演BCRs重轻链和TCRs

V(D)J常数区BCRs和TCRs看起来像

图1:简单表示抗体或tCR结构显示成熟淋巴细胞V(D)J重组结果

体积重组通过V(可变性)、D(多样性)、J(加入)重组实现单细胞选择V、D和J基因重编译过程还引入非变码核素交叉点,从而进一步提高多样性和特性基因组合随机性极强,以致两个细胞不太可能有相同的序列,所以它基本上起条形码作用。常数区域与J区域相邻,并构成独有连接基因签名的一部分

传统方法检测回文机和回文机无法捕捉我们免疫细胞的巨大序列多样性 — — 管理下代测序平台读数和吞吐量提高后,我们目前能实现的微小数分数

bob游戏下载大全新英格兰生物实验室科学家^®免排排序新层次,工作流允许批量mRNA排序BCR重光链和TCRA和ETET链可变区域人性化或小鼠生成全长UMI标记序列

从表达式免疫感应器大规模全长排序中能收集到什么信息

批量排序多方面提高免疫响应视图

提高序列精度批量排序法生成数百万细胞库单管,以最大限度地扩展免疫寄存器序列剖析mRNA分子逆转转入cDNA中,CDNA3端贴上单分子标识符(UMI),样本中显示的每个mRNA分子按序排序多拷贝单片mRNA可折成单一一致序列,提高序列精度

sortive特征描述全长序列生成包括V(D)J区和常数区V(D)J区域排序并整合C区域的能力意义重大,因为V(D)J区域带最大多样性,但它不捕捉所有变异性B单元格中C区域即为信息识别异型类(IgM、IgD、IgG、IgA和IgE)和更详细的免疫细胞类别
B细胞抗原驱动、不成熟免疫球素M(IgM)类转换抗原经验IgD、IgG、IgA和IgE类(均异常数序列级)。信息化翻译研究 因为异型可在整个受感染过程变化

访问全长序列信息还允许下游反机合成和功能特征描述,而单排序VDJ区域时是不可能的

阴道原型-扩展单克隆文件可用单级子树基于前克隆, 但也包含变量区域积聚体变异的序列信息通过序列与子线序列相匹配,可以深入了解特定克隆组织源,加深理解疾病状态中的免疫响应

单细胞和散装免疫细胞RNA排序相补

批量排序生成BCR和TCR库高吞吐量,使数以百万计的细胞库用单管编程并用相对低通测序筛选样本的球形多样性,单机排序范围为每个库编程约10,000个细胞并需要高得多排序覆盖,这大大增加图书馆构建和排序成本

单细胞排序使研究者对齐B单元重链和轻链识别单B细胞签名或T单元对齐a链识别单T细胞签名单细胞级信息深度提高

测序技术如何解答O'Connor实验室的问题

开工为何百科切除只部分成功治疗MG
在一个MG子类型中,胸口切除被使用为处理方法,但只部分成功,O'Connor实验室希望加深理解原因

一中学习并收集全长批量排序信息 从胸口组织 和病人血液 纵向采样追踪自体生成B细胞克隆组织组织原型 并批量分类免疫球素异型全长B细胞序列以直系子树分析方式对齐时,发现一些自定义B细胞克隆扩展并同时发现Homus和Me并推理百草枯B细胞近100%IgG-更均衡分布IgM、IgA和IgG表示甲状腺接触抗原模型能证明 百草枯中存在自体生成B细胞 脉冲扩展并同时存在于血液中取下百草枯后,血液中的克隆物(原产于百草枯)至少持续一年以上,导致百草枯切片处理完全成功

二叉为何MG病人接受Rituximab复发
另一种MG子类型(MUSKMG)使用一种药Rituximab(RTX-muskMG子类型研究者O'Connor实验室已经知道没有百草枯参与,并怀疑循环中短寿命抗体生成细胞是主要贡献者他们想进一步定义机制具体地说,他们想知道-当病人复发时,他们发现自动机克隆全新或历史回答这个问题全长批量BCR测序、从病人中提取mabs和单细胞RNA测序

3名受监控Rituximab前处理复发后Rituximab处理的病人中,首先寻找持久克隆并避免RTX耗竭使用高深度大容量测序处理前后全B细胞集并发现循环B细胞克隆持久并阻抗RTX耗竭批量排序信息通知他们 所有持久B细胞变换类 表示它们在抗原识别中作用

细胞被怀疑为该MG子型主要贡献者是反机密探, 它们表面没有BCR, 无法直接隔离带标签抗原并可用此识别MOSK绑定型疾病传播克隆体 散装排序信息来自同一批病人

单细胞BCR测序和单细胞RNA测序/转录机以类似方式,批量排序数据被用作数据库查找重叠后与每个细胞转录签名相关联,以追踪持久细胞类型,该类型证明短寿命防体隐形等离散

研究显示有可能加深理解自免性B和T作用的特殊性
最近的另一项研究再次测序BCRs分析人脑问题-我们的免疫系统如何响应SARS-COV-2mRNA疫苗

全长散装免疫细胞排序测量免疫响应

内首创学习评估SARS-COV-2mRNA疫苗响应的耐久性, 华盛顿大学医学院Ellebedy实验室更仔细地查看接受两剂Pfizer疫苗的个人淋巴结中细菌中心响应GCs是在防疫或受感染后组成淋巴组织的临时结构-B细胞激活并经历体态超变异以提高亲和度,而低亲和克隆则消除持久GCs表示对疫苗有强烈响应在这次研究前,SARS-COV-2mRNA疫苗免疫长效基础是受保个人是否接触COVID-19或监测受保个人血液中的抗体水平本项研究更精密地研究 免疫响应顺序和细胞层次

Ellebedy实验室研究者最初使用ELISpot测试量化绑定IgG和IgA分解B细胞apititlymph节点显示GCs持续四个月GCs内含抗体生成B细胞,以SARS-COV-2插件蛋白为对象mAbs系统使用GCB生成SARS-COV-2和批量B测序测试GCsS绑定GCmAb从批量汇编分析PBMCs和GCB单元等离散数列突变频率大增,显示疫苗诱发B细胞扩散生成内存B细胞

研究者能够描述这种持久强健GC响应所涉及的遗传多样性,并深入了解免疫响应和长寿问题。

新的散装细胞排序工作流由调查人员以高超手法操作,补充研究设计,追踪Myasthia病人的持久细胞类型并显示SARS-COV-2mRNA疫苗豁免方面随时间推移基于B和T细胞受体MRNA长读法无障碍性-看到下一步会令人兴奋

NEBNEXT^®Imune定序工具可用以测序B细胞和T细胞全长免疫卷人性化并小鼠.